Sự chuyển hóa của micafungin xảy ra ở gan vì phân tử thuốc là chất nền của CYP3A4, một loại men gan. Các biện pháp phòng ngừa nên được thực hiện liên quan đến việc dùng thuốc, vì micafungin cũng ức chế sự thanh thải của chính nó thông qua sự ức chế CYP3A4 yếu.[3][4]
